Продаю новый дом, как быть с налогами, чтобы по миру не пойти?

дом зарегистрирован в этом году, какую схему вы выбирали? как я понимаю занижение стоимости в договоре уже не работает...

Если цена сделки ниже кадастровой стоимости, то налогооблагаемая база для налога на доход - это кадастровая стоимость минус 30%. Если выше - то соответственно - стоимость по договору.
Поэтому, если и это много и не хочется платить, надо снижать кадастровую - в суде или через комиссию. А это тоже затраты - оценка (на определенную дату), экспертиза оценки, судебные издержки.
Вам надо все прикинуть и определиться - стоит ли затевать эту процедуру.
Или владеть объектом недвижимости 3 года.

Оспаривание кадастровой стоимости не совсем так происходит: нет экспертизы (если в комиссию), нет судебных издержек (если в суд). Тем не менее, заморочек много. Но если возможно существенное снижение, то для продажи, стоит попробовать оспорить сначала кадастровую стоимость.

Имуществом надо владеть теперь более 5 лет (а не 3).

Возможно уменьшение налога за счет имущественного вычета. Возможно уменьшение налогов через регистрацию ИП.